La compra de Diario de Ibiza a los herederos de Joan Verdera Mayans por parte de Prensa Ibérica, en 1991, abre una etapa de modernización del periódico en todas las facetas, tanto en la tecnología como en la forma de hacer periodismo. Era el segundo cambio de propiedad de Es Diari en un siglo.
El primer director de esta etapa es José Eduardo Iglesias (sustituto de Francisco Verdera Ribas), que estuvo al frente de Diario de Ibiza del 5 de mayo de 1991 al 13 de mayo de 1992, cuando es designado director adjunto de Diario de Mallorca, del mismo grupo. Javier Llopis ocupó la dirección entre el 14 de mayo de 1992 y el 4 de marzo de 1993, sustituido por José Antonio Martínez Vega, que estuvo en el puesto entre el 5 de marzo de 1993 y el 21 de mayo de 1994. Joan Serra Tur (desde el 22 de mayo de 1994 al 4 de noviembre de 2016) es el director que marca esta época, pues bajo su mandato se acometen importantes cambios y se inicia la transformación digital que coloca a Diario de Ibiza a la vanguardia. Serra dirigió antes el diario La Prensa de Ibiza la mayor parte de sus cinco años de vida y hasta su cierre en 1993. Prensa Ibérica adquirió posteriormente sus activos y absorbió a parte de sus periodistas.
Los antiguos locales del Diario en la calle Fray Vicente Nicolás, inaugurados el 3 de junio de 1992, se abandonan en 2004, cuando Diario de Ibiza se traslada a su actual sede de la avenida de la Paz, un complejo emblemático diseñado por el arquitecto ibicenco Josep Ferrer Llaneras, formado por el edificio del Diario y el del del Club Diario, su foro de opinión y debate creado en 1993, que consta de un moderno auditorio y sala de exposiciones.
La web de Diario de Ibiza abre en 1998. A partir de 2015 se acelera la transformación digital que cambia por completo la organización del Diario y su propio concepto, hasta desembocar en la situación actual, donde la redacción gestiona las dos plataformas, el papel y la web. Diario de Ibiza ha mantenido el liderazgo en la isla a lo largo de sus 125 años de existencia, y lo ha incrementado y afianzado desde su incorporación a Prensa Ibérica. La hegemonía de Es Diari es también absoluta en internet, donde saca una enorme ventaja a sus dos competidores.
En 2008 se inauguró la impresionante rotativa del polígono de Montecristo, la única existente en la isla, capaz de imprimir hasta 25.000 ejemplares de 72 páginas (16 de ellas en color) en una hora.
En 2016, Joan Serra es nombrado subdirector general de Contenidos de Prensa Ibérica para el área de Cataluña y Balears, y Cristina Martín (jefa de sección de 1997 a 2000 y redactora jefa desde 2000) se convierte en la primera directora de la historia de Diario de Ibiza y de la propia isla. Al mismo tiempo, la hasta entonces directora del Club Diario, Rita Vallès, es nombrada subdirectora del periódico.
EL CONTROL DE LA GESTIÓN ECONÓMICA Y PUBLICITARIA
Al frente de toda la gestión económica y comercial de Diario de Ibiza está el gerente de la empresa, Lluís Ballber, un experimentado economista que lleva 24 años en el puesto y es uno de los más veteranos de Prensa Ibérica. Bajo la responsabilidad de Ballber están los departamentos de administración, publicidad, talleres, producción, distribución, personal o eventos. Es además el gerente de Artes Gráficas de Ibiza, empresa filial de Diario de Ibiza, que gestiona la planta de impresión en la que se imprimen tanto Es Diari como los demás periódicos que se editan en la isla.
La directora y el gerente cuentan con la asistencia de Fina Riera (en el Diario desde 1997), que como secretaria ejecutiva de dirección desempeña también funciones de coordinación tanto en Diario de Ibiza como en Artes Gráficas de Ibiza, además de gestionar las exposiciones y algunos eventos del Club Diario.